Al momento de la conquista, el territorio se encontraba habitado por los grupos pipiles que se extendían a lo largo de la franja costera, entrando al territorio salvadoreño. Procedían de los mexicanos y habían tenido una influencia lingüística más duradera que la de sus ancestros. Más tarde cayeron bajo el dominio k'iche'. Según los Anales de los Kaqchikeles, se denomina Panatacat al territorio pipil de la costa marítima.

Los estudios arqueológicos indican que los centros de población más importantes se asentaron en la boca costa y Costa Grande, en los actuales espacios territoriales de la finca El Baúl, Pantaleón, Aguná y los Tarros, así como en el actual municipio de Santa Lucía Cotzumalguapa.

Debido a la densidad de sus selvas, las poblaciones se extendían en forma dispersa desde Tapachula, México; hasta El Salvador. En las zonas bajas se ubicaban los centros ceremoniales y el gobierno, los cuales estaban rodeados de poblaciones en grupo.

Aquí surgieron las primeras manifestaciones de una cultura monumental, propia de los antiguos habitantes del continente americano.

Al principio de la historia colonial, a partir del siglo XVI, sus habitantes fueron catequizados por los franciscanos. Se encontraban asentados en Cotzumalguapa y Alotec. El primero de estos lugares estaba bajo la advocación de Santiago y, el segundo, bajo la protección de San Juan, quedando el resto de estas iglesias perdido en los bosques. Después de los misioneros llegaron los colonos a fundar estancias en tierras fértiles.

Posteriormente llegó un período de crisis y se creyó que el añil era el causante de epidemias. Después se comprobó que el motivo de las muertes era el paludismo y otras enfermedades tropicales propias de las regiones añileras. Los indígenas no se adaptaban al clima del lugar y la población se concentró especialmente en Santa Lucía Cotzumalguapa, Siquinalá y Escuintla.

Muchos de los primeros habitantes de estos municipios fueron negros y mulatos, como en La Gomera y Escuintla. Se encontraban estrechamente vinculados a los repartimientos, ya que por la fertilidad de sus tierras y la riqueza del lugar, sus haciendas fueron calificadas entre las mejores y por lo tanto, codiciadas por los españoles. Esta situación hizo indispensable el trabajo forzado de grandes contingentes humanos, especialmente de pueblos indígenas.

A finales de la colonia, españoles peninsulares, criollos, indígenas y mestizos, se vieron afectados por las medidas represivas de la corona española, lo que trajo como consecuencia la independencia. En este lapso los medios de producción pasaron a manos de los criollos. A mediados del siglo XIX, se dieron modificaciones en el sistema económico.

El 1 de enero de 1853 empezó a funcionar el puerto de San José, de gran importancia para la economía nacional en el Pacífico. Su función fue básica en el comercio internacional, especialmente en el movimiento cafetalero. Así se convierte en un fuerte receptor del turismo que viene a Guatemala por la costa sur.

El movimiento comercial y turístico generó un desarrollo que lo convirtió en uno de los puntos geográficos más importantes de la época. En los años 80 del siglo XX, se abrieron a la economía nacional las instalaciones de Puerto Quetzal, en el Océano Pacífico, con la construcción portuaria más moderna de la época.