El primer asentamiento de Jalapa del que se tiene noticia fue un lugar llamado Xhule; después se trasladaron al valle de Santa María Xalapán, donde un grupo de religiosos se quedó adoctrinando a los aborígenes, llegando a ser cabeza de Curato del Ayuntamiento. Después formó parte del territorio de Mictlán y luego de Jutiapán, y por decreto No.107 del 24 de noviembre de 1873, emitido por el general Justo Rufino Barrios se constituyó en departamento, siendo su primer jefe político, el coronel Vicente Fuentes. El territorio de este departamento fue modificado al segregársele varios municipios para integrar el actual departamento de El Progreso.